Впервые упоминается в 1507 г., как починок Ступинский. С 1532 г. деревня Ступино.
В конце XV в. вблизи от Каширы на берегу реки Оки был основан Свято-Троицкий Белопесоцкий мужской монастырь. Он стал важным форпостом в обороне границ Московского государства от монголо-татарских набегов. В XVIII в. много земельных угодий нынешнего района было пожаловано в собственность придворной знати: Шереметьевым, Бутурлиным, Волконским, Орловым и др.
От этой эпохи сохранилось много памятников русского зодчества. На южной окраине города - Троицкий Белопесоцкий монастырь с Троицким собором, Сергиевской и Ивановской церквами. Старинные усадьбы хранят память о великих русских музыкантах и художниках, таких как Гурилев А. Л., Брюллов К. П. В 9 км от Ступино - бывшая усадьба декабриста Ф. П. Шаховского Верзилово.