Известнейший памятник природы федерального значения находится в окрестностях г. Тогучина – Буготакские сопки, представляющие собой отроги Салаирского кряжа. Это своеобразные микрозаповедники. В районе разветвленная речная сеть. Самая крупная река - Иня, 300 км течет она по территории района. В пойме Ини и ее притоков много небольших озер. Наиболее крупное из них Линево. Растительность в районе разнообразна. Лесной фонд района представлен отдельными урочищами, разбросанными по территории. Лес занимает – 28, 4 % территории. В основном хвойные породы. Характерна плотность лося в данном районе. Обитает лиса, американская норка, переселенная в реки района из Татарстана. Численность водоплавающих небольшая.