Рельеф района сильно расчленен оврагами, балками, долинами притоков Оби и Берди. На северо-востоке протекает наиболее многоводная река правобережья – Бердь с притоками Шипуниха и Койниха, впадающие в Бердский залив, протяженностью 55 км и площадью 44 кв. км. Искитимский район наиболее водообеспеченный среди всех районов Новосибирской области. Воды Бердского залива используются как источник энергоресурсов Новосибирского водохранилища, а также для организации водоснабжения, судоходства и рекреации. Долина реки Берди разделяет территорию района на северную - лесную и южную – возвышенную лесостепь. В северной части района на увалах и холмах – отрогах Салаирского кряжа растут осиновые и осиново-березовые травяные леса с папоротниками и таежным высокотравьем. Сосновые леса занимают террасы р. Берди и Ика. На территории района, одного из самых богатых лесом в области, соседствуют приобские сосновые боры, предсалаирские островно-степные леса и остатки кузнецко - салаирской осиновой тайги. Лесистость 24. 5 % территории района Расположение лесов вблизи Новосибирска определяет их экономическое и защитно-рекреационные функции. В районе хорошо развито лесное хозяйство. Животный мир района не богат. Водится лось, лисица, белка, горностай, колонок, крот, косуля, заяц-беляк. В отдельные годы заяц бывает многочислен, составляя основу спортивной охоты зимой. На водохранилище во время миграции останавливаются утки и гуси. В Обском водохранилище водятся лещ, судак, окунь, щука, язь, ерш.