Территорию района занимает обширная заболоченная Печорская низменность и хребты Пай-Хоя. На территории Пинежского района в Пинежском заповеднике гнездится рыбоядный орел-скопа, занесенный в Красную книгу РФ. В заповеднике 352 карстовые пещеры, в.т.ч. памятники мирового значения: пещера Конституционная - 6, 7 км, Пехоровский провал с 20-ти метровым водопадом и другие. Реки, протекающие по району, богаты рыбой.