На территории Усть-Канского района уникальный археологический памятник мирового значения- Денисова пещера. Нигде в мире нельзя в одном месте и на одном памятнике увидеть разные эпохи развития человечества от его зарождения до современности. Возраст памятника - 300 тыс. лет до н.э. Систематические исследования пещеры начали в 1982 году сотрудники Института археологии и этнографии из Новосибирска. В селе Мендур-Соккон есть краеведческий музей алтайской истории и культуры, который является филиалом Горно-Алтайского Республиканского музея.
В Усть-Канском районе находится много уникальных археологических памятников, и их количество продолжает увеличиваться. Здесь обнаружено множество наскальных изображений и надписей, курганов, стоянок древних людей. Некоторые археологические объекты содержат более 20 культурных слоев. В районе есть много пещер, некоторые из которых в разное время также служили жильем для человека. Много археологических находок было сделано в Денисовой пещере на реке Ануй, в пещерах Страшная в бассейне среднего Чарыша и Усть-Канская в его верховьях. В верховьях Чарыша на высоте более 2000 м была даже найдена древняя горная выработка, в которой первобытные горняки добывали медную руду. Заваленный карьер обнаружили случайно при проведении геологоразведочных работ в 1955 году.