Природа Медвежьегорского района отличается чрезвычайным разнообразием ландшафтов, форм рельефа и растительно-животных сообществ. По территории района проходят два водораздела: на западе - Онежско-Ладожский водораздел, на севере и северо-востоке - Онежско-Беломорский водораздел; на юге же находится Заонежский сельговый район. Кроме того, по восточному побережью Онежского озера, в районе Повенецкого и Заонежского заливов, пролегает Восточно-Онежская равнина. На этих равнинных территориях произрастает множество сосновых боров, для береговой зоны характерны обширные песчаные пляжи, длинные полуострова - косы и уютные губы-заливы. Такие природные условия весьма располагают к отдыху и лечению вМедвежьегорском районе Карелии. На территории Заонежья, в частности, располагается множество гостевых домов, пансионатов, туристических баз, коттеджных комплексов Медвежьегорского района.
Заонежье - это крупный Заонежский полуостров и примыкающий к нему архипелаг Кижские шхеры площадью 560 км2, насчитывающий около 500 островов, что составляет 34 % от числа всех островов Онежского озера. Геологическая история формирования этого района насчитывает 3 миллиарда лет. Именно здесь были обнаружены фитолиты - окаменелости первых организмов на планете Земля - древних водорослей, возраст которых насчитывает 2 миллиарда лет! В Заонежье сохранилось множество свидетельств последнего Верхневалдайского оледенения. Этот ледник и образовавшееся в результате его таяния Онежское приледниковое озеро сформировали современный ландшафт Заонежского полуострова - вытянутые с северо-запада на юго-восток гряды и параллельно им расположенные межсельговые равнины, озёра, болота, заливы и губы Онежского озера. Их продолжением являются вытянутые в том же направлении острова Кижских шхер. Характерной чертой такого ландшафта являются напоминающие стадо овец "курчавые" скалы, образованные обкатанными ледником "бараньими лбами".
В силу геологических причин и климатических особенностей в Заонежье сформировалась своеобразная флора. В хвойных и смешанных лесах произрастают берёза, осина, серая ольха, ель, сосна, на отдельных участках и островах - липа, вяз, чёрная ольха. Встречаются чистые насаждения из ивы, рябины, древовидной черёмухи. Хорошо развит подлесок и травяной покров. Тип леса меняется через каждые 50-150 м и не повторяется на соседних островах! Среди представителей флоры множество редких растений и эндемиков (т.е. нигде больше не встречающихся видов): уникальная популяция орхидеи Венерин башмачок, которую обнаружили на о. Вовлок; кизильник киноварно-красный, произрастающий на Ламбинских островах; солнцецвет монетолистный (мыс Радколье Большого Леликовского острова); Каулиния гибкая, и др. Не меньшим богатством отличается и мир животных, особенно фауна насекомых и птиц.
На островах Кижского архипелага обнаружено 436 видов насекомых и более 180 видов птиц (90 % от общего числа видов, гнездящихся в Карелии). Весной и осенью здесь останавливаются на отдых и кормёжку многочисленные стаи пролетающих на север гусей, лебедей, журавлей, уток, куликов, пуночек, лапландских подорожников и других обитателей тундры, а в предотлётный период концентрируются разнообразные местные утки и чайки. У южного предела распространения гнездится луток, встречается краснозобая гагара, у северного - соловей, коноплянка, иволга, погоныш, чомга, выпь и ещё ряд "южных" видов.20 видов представителей орнитофауны занесены в Красную Книгу Карелии. Особого внимания заслуживают птицы, занесённые в Красную Книгу: летом здесь можно увидеть беркута, белохвостого орлана, сокола- сапсана и скопу. Другие виды, занесенные в Красную книгу - серый журавль, мелкие соколы - дербник и обыкновенная пустельга, крупные совы - филин и бородатая неясыть, обитающие на островах архипелага.
Среди обычных для Кижских шхер видов рыб - разнообразные карповые - плотва, елец, язь, гольян, красноперка, пескарь, уклея, густера, лещ, чехонь, карась, хорошо известные окуневые - судак, окунь, ерш, щука, налим, корюшковые, представленные корюшкой и снетком. Кроме них, обитают щиповка и голец из семейства Вьюновых, колюшки трехиглая и девятииглая из Колюшковых, бычок подкаменщик из Бычковых. Известна речная минога, и изредка заходит, поднимаясь по Свири, угорь.
Обычные для Заонежья крупные животные - лось, лиса, заяц, американская норка, и т.д. медведь и волк. Среди грызунов встречаются канадский бобр, белка-летяга, ондатра, белка обыкновенная, и др.; среди хищных - выдра, росомаха, горностай, куница, лиса, бурый медведь. Статус охраняемых в Карелии имеют 2 вида земноводных - обыкновенный и гребенчатый тритоны, и 6 видов млекопитающих - ласка, белка-летяга, косуля, выдра, летучие мыши ночница усатая и ушан бурый.
На территории Заонежья, кроме того, находится ряд ценных природных памятников:
- Озовая гряда о. Кижи.
- Термокарстовые воронки на о. Кижи (два объекта).
- Популяция вязов на острове Кижи.
- Разнотравные луга с ровницами на склоне озовой гряды.
- Древняя липа в северной части о. Кижи.
- Черноольшанники на о. Еглов.
- Популяция вязов в южной части о. Шуневский.
- Остров Малый Леликовский.
- Луга и тростниковые заросли в южной части о. Керкостров.
- Древние ели у д. Подъельники.
- Еловая роща у час. Успения Богородицы в д. Корба.
- Древние ели в д. Жарниково.
- Древние ели в д. Воробьи.
- Вулканические образования на о. Б. Леликовский.
- Заболоченные луга и тростниковые заросли у о. Б. Леликовский.
- Скальные сосняки севернее д. Подъельники.
- Участок разнотравных лугов у д. Боярщина.
- Прибрежные травяные болота и заболоченные участки у д. Жарниково.
- Озеро Векхозеро.
- Озеро Копанец.